In den Landesligen Nordwest, Südost und Südwest gehen jeweils 17 Vereine an den Start, in allen anderen Spielklassen treten 18 Klubs an.
Auf eigenen Wunsch verbleibt der VfB Eichstätt in der Bayernliga Nord. Der SSV Jahn Regensburg II hingegen wechselt nach drei Jahren im Norden wieder in die Südgruppe. Der SV Mitterteich, früher jahrelang Mitglied der Bezirksoberliga Oberfranken und Landesliga Nord, kehrt wunschgemäß aus der Landesliga Mitte in die Landesliga Nordost zurück.

"Wie jedes Jahr haben wir versucht, alle Wünsche der Vereine zu erfüllen und uns auch mit den Ligasprechern abgestimmt. Bei der Einteilung von 123 Klubs auf zwei Bayernligen und fünf Landesligen lassen sich einzelne Härtefälle leider nie komplett vermeiden. Letztlich haben wir aber gemeinsam wieder eine tragfähige und gute Lösung gefunden", erklärt Verbands-Spielleiter Josef Janker.

Die Bayern- und Landesligen starten am 16. Juli 2016 in die neue Saison. Der letzte Spieltag findet am 20. Mai 2017 statt.

Bayernliga Nord (18 Vereine): SV Viktoria Aschaffenburg (Absteiger), FC Amberg (Absteiger), VfB Eichstätt, TSV Großbardorf, SpVgg SV Weiden, SV Alemannia Haibach, SC Eltersdorf, TSV Aubstadt, FC Sand, SC Feucht, DJK Don Bosco Bamberg, Würzburger FV, SV Erlenbach/Main, VfL Frohnlach, DJK Ammerthal (Aufsteiger), ASV Neumarkt (Aufsteiger), SpVgg Ansbach (Aufsteiger), FC Würzburger Kickers II (Aufsteiger).
Bayernliga Süd (18 Vereine): TSV Rain/Lech (Absteiger), SV Pullach, FC Sonthofen, FC Unterföhring, SV Heimstetten, SV Kirchanschöring, TSV Dachau, SpVgg Hankofen-Hailing, FC Pipinsried, TSV Kottern, SSV Jahn Regensburg II, DJK Vilzing, BCF Wolfratshausen, TSV Schwabmünchen, TSV Landsberg, TSV Bogen, FC Ismaning (Aufsteiger), FC Gundelfingen (Aufsteiger).
Landesliga Nordwest (17 Vereine): FC Eintracht Bamberg (Absteiger), SpVgg Jahn Forchheim (Absteiger), FC Schweinfurt 05 II, TSV Abtswind, TSV Kleinrinderfeld, TG Höchberg, DJK Schwebenried/Schwemmelsbach, FVgg Bayern Kitzingen, TSV Karlburg, ASV Rimpar, FC Viktoria Kahl, SV Memmelsdorf, FC Coburg, TuS Röllbach (Aufsteiger), TSV Unterpleichfeld (Aufsteiger), FC Fuchsstadt (Aufsteiger), FC Lichtenfels (Aufsteiger).
Landesliga Nordost (18 Vereine): TSV Kornburg, SG Quelle Fürth, ASV Vach, TSV Buch, ASV Pegnitz, Dergahspor Nürnberg, FSV Erlangen-Bruck, ASV Veitsbronn-Siegelsdorf, SV Mitterteich, Baiersdorfer SV, TSV Neudrossenfeld, FC Vorwärts Röslau, SSV Kasendorf, SpVgg Selbitz, FSV Bayreuth (Aufsteiger), SC 04 Schwabach (Aufsteiger), ATSV Erlangen (Aufsteiger), SpVgg Bayreuth II (Aufsteiger).
Landesliga Mitte (18 Vereine): SpVgg Ruhmannsfelden (Absteiger), ASV Burglengenfeld (Absteiger), SV Fortuna Regensburg, 1. FC Bad Kötzting, ASV Cham, SV Etzenricht, SC Ettmannsdorf, TSV Kareth-Lappersdorf, TSV Bad Abbach, DJK Gebenbach, SV Hutthurm, FC Sturm Hauzenberg, SpVgg Osterhofen, TSV Waldkirchen, SV Sorghof (Aufsteiger), SV Donaustauf (Aufsteiger), SV Neukirchen beim Heiligen Blut (Aufsteiger), TSV Seebach (Aufsteiger).
Landesliga Südost (17 Vereine): SV Erlbach (Absteiger), FC Deisenhofen, VfB Hallbergmoos, SE Freising, ASV Dachau, SB DJK Rosenheim, TuS Holzkirchen, SB Chiemgau Traunstein, TuS Geretsried, FC Töging, SV Türkgücü-Ataspor München, TSV Eching, SpVgg Landshut, TSV Eintracht Karlsfeld (Aufsteiger), ESV Freilassing (Aufsteiger), TSV Kastl (Aufsteiger), TSV Vilsbiburg (Aufsteiger).
Landesliga Südwest (17 Vereine): SV Mering, TSV 1861 Nördlingen, FC Memmingen II, SV Egg a. d. Günz, FV Illertissen II, TSV Aindling, SV Raisting, SC Ichenhausen, Türkspor Augsburg 1972, SpVgg Kaufbeuren, Kissinger SC, SC Oberweikertshofen, FC Stätzling (Aufsteiger), FC Ehekirchen (Aufsteiger), TSV Schwaben Augsburg (Aufsteiger), SC Olching (Aufsteiger), TSV Gilching-Argelsried (Aufsteiger).